売上’(債権)は、取引>dealsとして登録し、消込はdeals>paymentとして登録(post)すればいいでしょうか?

はい、ご認識の内容で未決済取引の消込が可能です。

またfreeeの画面で消込を行った場合、deals>paymentで取得(get)は可能でしょうか?

取得される場合は、dealsのGETをご利用ください。

レスポンス内>paymentsの部分に反映されます。