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ご質問ありがとうございます。

①経費申請のステータスを自動で in_progress に設定する方法

申し訳ございません。
現在
* POST /expense_applications
* PUT /expense_applications/{id}
ともに下書き(draft)のみの対応となっております。

お手数おかけしてしまいますが Web 画面より操作お願いします。

②申請経路を操作するAPIのリリース予定があるか

開発チームに確認致します。
回答までお時間いただけますと幸いです。

③経費申請をAPIで承認可能か

申し訳ございません。
こちらも現在 Web からのみ操作可能です。
お手数おかけしてしまいますが Web 画面より操作お願いします。

以上です。
ご確認どうぞよろしくお願いいたします。