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ご質問ありがとうございます。

1. 大項目についても部門別の数字が取れるようにしてほしいです。

勘違いしていましたら申し訳ございません。
大項目に関しまして、sections レスポンス内部が合計値になっているかと存じます。
意図している合計値は以下 sections レスポンスサンプルとは別でしょうか?
よろしければ、具体的なレスポンス例をご教示いただけると幸いです。

ex) 売上高: 一部事業所固有の数値は削っております。

 "trial_pl": {
        "company_id": XXXX,
        "fiscal_year": 2019,
        "breakdown_display_type": "section",
        "created_at": "2020-03-13T10:51:42+09:00",
        "balances": [
            {
                "account_item_id": YYYY,
                "account_item_name": "売上高",
                "sections": [
                    {
                        "id": 0,
                        "name": "未選択",
                        "opening_balance": 0,
                        "debit_amount": 565,
                        "credit_amount": 5556,
                        "closing_balance": 4991,
                        "composition_ratio": 26.55
                    },
                    {
                        "id": 827569,
                        "name": "開発部門",
                        "opening_balance": 0,
                        "debit_amount": 0,
                        "credit_amount": 13806,
                        "closing_balance": 13806,
                        "composition_ratio": 73.45
                    }
                ],
                "hierarchy_level": 2,
                "parent_account_category_id": 81,
                "parent_account_category_name": "売上高",
                "opening_balance": 0,
                "debit_amount": 565,
                "credit_amount": 19362,
                "closing_balance": 18797,
                "composition_ratio": 100.0
            },
            {
                "account_category_id": ZZZZ,
                "account_category_name": "売上高",
                "total_line": true,
                "hierarchy_level": 1,
                "parent_account_category_id": 92,
                "parent_account_category_name": "売上総損益金額",
                "opening_balance": 0,
                "debit_amount": 565,
                "credit_amount": 19362,
                "closing_balance": 18797,
                "composition_ratio": 100.0
            },
            // 略
        ]
}

2. 期末残高と言いつつ、実際に取得される数字は会計期間累計額ではなく月次発生額ではないかと思われます

ご迷惑をおかけしてしまい申し訳ございません。
こちら不整合が起きていると思われる詳細な箇所をご教示いただけますでしょうか?

1, 2 ともユーザー様固有のデータが含まれてしまうかと存じます。
お手数をお掛けしてしまいますが、
以下のURLより、お問い合わせ対象を「Public API (会計freee)」にしてご連絡くださいませ。

https://support.freee.co.jp/hc/ja/requests/new?referral=helppage

ご確認よろしくお願いいたします。