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ご質問ありがとうございます。

> API連携をすると空白が詰められて連携されるので

こちらもう少し詳細をうかがわせてください。
振替伝票の GET API を使ったとき、Web から登録した[金額]欄が貸借いずれか「0」のレコードが取得できない。
といった状況でよろしかったでしょうか?

* 実行したエンドポイント
* リクエスト内容
* ヘッダーを含むレスポンス内容

と必要に応じて Web 画面との差異が分かる情報をいただけると幸いです。
※ company_id など個人・事業所を特定しうる情報はマスクしてください。

ご確認よろしくお願いいたします。