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お時間いただきありがとうございます。

> この場合、見積書と請求書を紐付けるための適切な方法があれば教えていただきたいです。

申し訳ございません。
現状 API から取得できる情報で2つを紐付けるパラメータのご用意がございません。

暫定対応とはなってしまいますが、notes (備考)欄は引き継がれるので、
一意な値を入れ突合するなどは可能かなと思います。

ご検討いただけると幸いです。
引き続きどうぞよろしくお願いいたします。