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ご質問ありがとうございます。
記帳代行プランは上記以外に属するため、ご推察の通り 3000 回 / 日となります。
またコール上限数の変動はプランに応じており、管理アカウント数による変動はございません。
ご了承ください。

> コール上限数は管理アカウント数の増加に伴い使用制限が変動するのか(顧客数が数千~1万強となった際も対応できるのか)、またはコール数上限はにどうapi接続を考えていけば良いかをアドバイスいただけないでしょうか。

更新・作成等のエンドポイントでなければ一度のリクエストである程度の件数を取得できるため、リクエスト数に収まるよう取得件数を調整いただければと存じます。

> また記帳代行プランにおけるその他関連制約がありましたら教えていただきたいと思います。
利用できるAPIに制限がかかってしまいます。
原則 Web よりできないことはできません。

ユーザー権限は下記のエンドポイントでご確認ください。
ユーザー権限

ご確認よろしくお願いいたします。