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1)連携アプリ設定を行うユーザーに、取引情報の登録、取引先の設定が行える権限は必須でしょうか?

2)取引情報の登録をする際に必要となる科目IDなどの取得を、APIの手起動で行おうと考えていますが、

  その場合も科目設定等の権限は必要でしょうか?

1と2のご質問どちらも必要となります。

連携アプリ設定を行うユーザーと、実際にAPIを叩いて会計freeeへ連携するユーザーごとで権限を分けることはできないので、どちらも同様に権限が必要になってまいります。

3)API連携が始まったあとに、アプリ連携を設定したユーザーのログインパスワードを変更しても、

  APIは設定変更なく使えますでしょうか?

はい、設定変更を行わなくてもご利用いただけます。

もしご不明がございましたらお気軽にお問合せください。

どうぞよろしくお願い致します。