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ご質問有難うございます。

すぐの回答が難しく調査の時間を頂きたく存じます。
調査を行うにあたり以下の情報を共有頂けますでしょうか?

* リクエストパラータ: API実行時に実際に送信されたもの
* レスポンス: レスポンスコード、ヘッダーを含む完全なレスポンス

GAS をお使いとのことですので、
レスポンスに関しては以下の様な形で取得できるかと存じます。

レスポンスコード: res.getResponseCode()
レスポンスヘッダー: res.getAllHeaders()
レスポンス本文: res

※ res は HTTPResponse class のインスタンスになります。

参考) https://developers.google.com/apps-script/reference/url-fetch/http-response

こちらの情報ですが個人・企業様を特定しうる情報となっております。
ご返信いただくさい、こちらのコミュニティではなく、
以下のURLより、お問い合わせ対象を「Public API (人事労務freee)」にしてご連絡くださいませ。
https://support.freee.co.jp/hc/ja/requests/new?referral=helppage

どうぞ宜しくお願い致します。