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ご確認ありがとうございます。

取引先の登録件数ですが現状特定の制限はもうけていないかと思われます。
※ 約 7000 件登録された状態では問題ない事を確認しています。
※ 今後も制限が無いことは保証できかねます

サンプルデータを投入し手元にて、

* limit:3000, offset:3000
* limit:3000, offset:6000
* limit:3000, offset:7000
* limit:3000, offset:9000

の条件で実行しましたが 500 エラーは発生しませんでした。
現在も発生しますでしょうか?

たまたまその時発生した可能性がございます。
再度ご確認いただき、改善がされない場合。

* 実際に実行したときのリクエスト情報 (パラメータ & エンドポイント)
* ヘッダーを含む完全なレスポンス情報

を以下のURLより、お問い合わせ対象を「Public API (会計freee)」にしてご連絡くださいませ。
https://support.freee.co.jp/hc/ja/requests/new?referral=helppage

ご確認よろしくお願いいたします。