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振替伝票で計上する際のデメリットとレポートへ反映させる方法でございますね。

デメリットについて、売掛・買掛レポートへの反映しないこと以外には、特に大きく影響を及ぼすことはございませんのでご安心くださいませ。

レポートへ記載をする方法は、振替伝票から未決済取引を作成していただくことでレポートに反映されるようになります。
作成方法については、下記ヘルプページに記載されておりますので、一度ご参照いただけますと幸いです。
– 振替伝票から未決済取引を作成する
https://support.freee.co.jp/hc/ja/articles/202848040#3

また、取引(Deals)の編集(PUT)については、開発が進んでおり、今後APIを公開していく予定でございます。
公開する時期につきましては、変動する可能性が大いにあるため、お伝えすることは控えさせていただきます。
公開した際は、こちらのDevelopers communityにてお知らせ致しますので、ご確認頂ければ幸いです。

どうぞよろしくお願いいたします。