ご教示ありがとうございます。
２重登録しないようにチェック処理を追加したいということでございますね。
2重登録にならないようエラーとなるのは、会計freee上の挙動と同じでございます。
つまり、マスター情報（勘定科目の作成、更新など）の新規登録や編集を行う場合は
・新規登録される名称（account_itemのname）がすでに登録されていないか
・勘定科目を更新する場合も名称（account_itemのname）がすでに登録されていないか
にて2重登録になるかならないかの判断をしております。
※ほかのマスター情報についても、「Parametersの各マスター情報のname」がキーになります。
ほかには請求書APIですが、会計freeeでは請求書番号を同じで登録することができない仕様でございます。
そのため、APIも請求書番号（invoice_number）にて2重登録のチェックが行われます。
そのほかには、特にチェックがない認識でおりますので、エラー等になってしまう場合はご指摘いただけますと幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。