ご返信ありがとうございます。
従業員idは、一致しているということですね。
大変恐れ入りますが、適正なご案内をするために貴社の事業所の登録状況を拝見させていただきたく存じます。
そこで以下URLからfreeeサポートデスクにてお問合せいただけますと幸いです。
https://support.freee.co.jp/hc/ja/requests/new?referral=helppage
その際に「お問い合わせ対象」を【Public API （人事労務freee）】をご選択ください。
なお以下2点についてもご教示くださいませ。
・事業所番号
▼ 【ヘルプセンター】事業所番号の確認方法
https://support.freee.co.jp/hc/ja/articles/360000356263
・0と取得されてしまう従業員様のお名前
どうぞよろしくお願い致します。