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お世話になっていおります。

>既に登録された支出の取引について、支払依頼金額の修正、支払手数料などを別の取引データとして登録したいです。

大変恐縮でございますが、別の取引形式として逆仕訳を登録することはできかねております。
逆仕訳を登録する場合は、「決算>振替伝票」より振替伝票として登録してくださいませ。

APIですと、ManualJournalsのリファレンスをご確認いただき、リクエストを投げていただくようになります。

どうぞ宜しくお願い致します。