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ご質問ありがとうございます。
freeeサポートデスクでございます。

ご質問について回答いたします。

1.貸借対照表の取得又は、損益計算書の取得における”up_to_date”について

こちらは、決算期の最新を表す項目ではなく、データが最新かどうかを確認するためのものです。
試算表を作成する際にはデータの集計を行うのですが、
処理に時間がかかり、最新のデータが反映されない場合があります。
そのため、こちらの項目が設けられております。

詳細につきましては、下記URLをご確認ください。

■「/reports」「/walletables」の仕様変更に関して

「/reports」「/walletables」の仕様変更に関して

2.勘定科目の”損益”について

>勘定科目の”損益”は試算表には載らないという理解で間違いないでしょうか

はい、その認識で間違いありません。

3.仮払消費税・仮受消費税の項目について

>仮払消費税・仮受消費税は例外的に当項目が存在しないようです。

私どもの環境では、仮払消費税・仮受消費税ともに出力されております。
項目が出力されないのは、他の要因があるのかもしれません。
もしよろしければ、データの詳細を教えていただけないでしょうか。

以上、ご確認のほど、よろしくお願いいたします。