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ご質問ありがとうございます。
freeeサポートデスクでございます。

ご質問について回答いたします。

1.旧税抜処理”とはどのような処理か?

旧税抜処理は、取引の収支区分を元に仮受消費税・仮払消費税を判定する処理です。
現在では取引の税区分を元に仮受消費税・仮払消費税を判定しているため
使用しておりません。そのため、画面でも選択できないようになっております。
APIからも更新できません。

2.「税込経理」では消費税額は確認できないのか?

「税込経理」では消費額を確認することはできません。
またご指摘の通り、APIで消費税経理処理方法を変更することは出来ません。
消費税を確認いただくためには、画面で事業所設定の消費税経理処理方法を
『税抜経理』に変更していただく必要がございます。

3.消費税の発生について

> 課税売上として入力した取引の下には仮受消費税が、
> 課対仕入として入力した取引には仮払消費税が発生する。
> その他(対象外、不課税、非課売上、非課仕入)の場合は
> 仮払・仮受消費税は発生し得ない

はい、その認識で正しいです。

以上、ご確認のほど、よろしくお願いいたします。