色々混乱しているような気がします。
こちらは Touch On Time の API を利用して freee に情報を取り込むための説明で、
取得できるアクセストークンも Touch On Time の API を実行するためのアクセストークンかと思います。
なので、このコミュニティのリファレンスに記載のある API のアクセストークンではなく、
freee の API (このコミュニティで紹介されているやつ)では利用できないと思います。
> 人事労務freeeの設定でアクセストークンを設定後に、他サービス側でログインユーザAPI実行したレスポンスには格納されるログインユーザとはどのユーザのものになるのでしょうか？
詳細な権限設定がどうなっているかわからないのですが
OAuth で認証しているのであれば、認可時にログインしていたユーザーがアクセスできる範囲の情報にアクセス可能かとおもいます。