[yakumo]

利用をしようと思っているAPIは
POST /api/1/manual_journals
でしょうか？

管理番号そのものはなさそう & 使ったこと無いため意図を満たせるかわかりませんが。
タグを利用することで管理番号相当のデータとして利用できる気がします。

また、重複チェックに関してはAPIを利用するのであれば、ソースデータ (CSV) を読み込んでリクエスト内容を作るときに、管理番号と日付でフィルタリングすると良いのかなと思います。

いかがでしょうか？