自分の解釈になってしまいますが参考までに。
> １．freee API では、パブリッククライアントでの運用を想定していますか？
implicit grant も提供されているので想定していると思われます。
> ２．「ID/Secretは他のユーザーに知られることが無いよう管理して下さい。」は、コンフィデンシャルクライントを対象にした記述ということでしょうか？
こちらは完全にコンフィデンシャルクライアント想定かと思います。
implicit grant 自体が Deprecated のため、推奨しているのは Authorization code grant かなと思います。
※ コンフィデンシャルクライアントを利用
３．パブリッククライアントでは、Implicit Grantを推奨しているということでしょうか？
パブリッククライアントで Authorization code grant にしてしまうと Client Secret が漏れるので、
Implicit Grant を使うことになるとおもいます。