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ご確認ありがとうございます。

> 空白行を入れた場合でも、1行にならず
> 仕訳分の行数がきますでしょうか?

はい。
振替伝票の空白行がCSV上で1行分出力されているかと存じます。
※ GET /api/1/journals 経由で取得した CSV です。

> こちらでは会計FREEE側で空白をいれると
> たとえば2行が1行にてGETされるのですが、、、

だいぶ省略してしまいますが。
Webの振替伝票上で、

借方 / 貸方
1000 / 2000
1000 / 0

のように登録した振替伝票をAPI経由 (GET /api/1/journals)で取得すると。

借方 / 貸方
2000 / 2000

として取得されてしまうということでしょうか?
私が確認した環境では、

借方 / 貸方
1000 / 2000
1000 / 0

と2行での取得を確認できております。
こちらを関連付ける情報として仕訳番号をご紹介しました。
※ API経由での取得でも仕訳番号を利用する設定であれば表示されます。

Web 上でどのような振替伝票(もしくは仕訳)が API 経由でどのような出力になるかデータをいただけますか?
そのさい、company_id など事業所の特定や事業状況がわかってしまうような値に関してはダミーな数字等に置き換えてください。

> あと、仕訳番号は画面からのCSVダウンロードの時のみですか?
> API連携したときもGETできますか?現在API連携にて、上記のようにGETすると仕訳番号は入ってこないのですが。

仕訳を一意の番号で管理する(仕訳番号)

こちらの設定はお済みでしょうか?
仕訳番号を利用しない設定の場合は表示されません。

ご確認よろしくお願いいたします。