アバターyakumo

念の為の確認なのですが。

> ご指摘の通り内容の確認とfreee会計リファレンスでそのJSON自体をテストしてみたところちゃんと問題なく処理されるのですが、やはりgasかJSON.stringify()したものを用いてfetchすると正しく取得できないようです

JSON.stringify() された結果をfreee会計リファレンスの機能で送信していますか?
また、header には application/json の指定もされてますか?

実際に GAS 経由で送られたリクエストの確認方法を調べて、ヘッダー含めて確認すると通るリクエストとの差異が見えてくる気がしました。