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ご質問ありがとうございます。

> 全てのレスポンスに含まれると記述がありますが、例外があるのでしょうか。

401エラー時はAPIの実行前のため返却されないかと存じます。
HTTPステータスコードが200の時に含まれないケースに遭遇した際は、
具体的なリクエストとレスポンスをご教示いただけると幸いです。

> また、正しく新バージョンのAPIを指定していることを確認する方法はありますでしょうか。

新・旧で挙動の異なるAPIを実行いただくことで確認可能かと存じます。
新・旧での差分はこちらのページをご確認ください。

【重要】2020年12月の会計freee APIの仕様変更について

引き続きどうぞよろしくお願いいたします。