アバターyakumo

> 1

こちら「事業所とアプリケーション毎に1日でのAPIコール数」とかいてあるので、
同一事業所に1万ユーザーいた場合、
口座明細APIだけで1万リクエストを使ってしまうと他が何もできないかと思われます。

処理時間は明確な定めは一部のエンドポイントにしかないため、やってみてエラーが出ないように調整するのかなと思います。

仮に1万リクエストを0.5秒間隔で処理したとしても6時間で終わると思うので、1日で同期をとりたいのであればもっと間隔を開けて良いと思います。
※ リクエスト数に関しては課題が残りますが…。

> 2

こちらは公式回答ではないのですが…。

基本的にスクレイピングはグレー?な実装かなと思います。
そのため、制限されるリスクを背負っての自己判断かなと。
第三者的な開発者としては基本的に聞いたらNGと言われるかな。
といった所感です。

> 3

現状ドキュメント以上のことはないと思います。
そのため業務改善へのインパクトなどを付記して、
公式のサポートフォームから要望をだすと良いのかなと感じました。