[freee Developer Community]

Web側の
［設定］→［事業所の設定］→「詳細設定」タブの「仕訳番号形式」が「使用しない」となっていました。

形式を選択すると仕訳番号が設定されたCSVを出力することが出来ました。

ありがとうございました。

ご指摘頂いた通り、トークンはリフレッシュ致しました。